第一， 报名条件不同。
高水平运动队要求年龄不超过22周岁且具备以下条件之一者方可报考：（1）高级中等教育学校毕业，获得国家二级运动员（含）以上证书且高中阶段在省级（含）以上比赛中获得集体项目前六名的主力队员或个人项目前三名者；（2）具有高级中等教育毕业同等学力，获得国家一级运动员（含）以上证书者，或近三年内在全国（或国际）集体项目比赛中获得前八名的主力队员。
而运动训练、武术与民族传统体育单独招生对象为符合高考报名条件，并具备二级运动员（含）以上运动技术等级资格的考生。
第二， 招生院校不同。
目前全国有275所高校具有招收高水平运动队资格。2017年，体育单独招生中运动训练专业招生院校有93所，武术与民族传统体育专业招生学校有50所。
第三， 考试方式不同。
报考高水平运动队的考生，要参加学校组织的运动队相关项目专业测试。获得高水平运动队资格的考生还要参加全国统一高考。2017年起，获得一级运动员、运动健将、国际健将及武术武英级（或以上）称号之一的考生可申请参加国家体育总局统一组织的运动训练、武术与民族传统体育专业单独招生文化课考试，也可选择参加全国统一招生考试。
体育单独招生考试包括文化课考试和体育专项考试两部分。文化课考试由国家体育总局统一命题、组考，体育专项考试由招生院校组织，执行国家体育总局制定的统一考试办法和评分标准。体育测试考生依据各院校招生简章要求，统一在“中国运动员文化教育网”（www.ydyeducation.com）体育单招考试系统中进行考试报名。
第四， 录取优惠政策不同。
高水平运动队的录取政策是：高考文化成绩一般不低于生源省份本科第二批次录取控制分数线；对于少数体育测试成绩特别突出的考生，高校可适度降低文化成绩录取要求，但不得低于生源省份本科第二批次录取控制分数线的65%。
而体育单独招生录取时，在考生文化考试成绩达到最低录取控制分数线基础上，各招生院校根据考生的体育专项考试和文化课考试成绩综合评价，择优录取。具备一级运动员等级资格的考生，其文化考试成绩可在原始分基础上增加30分；具备运动健将技术等级资格的考生，其文化考试成绩可在原始分基础上增加50分。
第五， 专业选择不同。
高水平运动队的考生可以报考非体育类专业；体育单招报考的是运动训练、武术与民族传统体育专业。